مستند «مهاجر» ماجرای دو هجرت را روایت می‌کند که با هم مرتبط هستند؛ قصه اول، درباره مردی به نام علی است که اگر دیر بجنبد کشته خواهد شد و به خاطر نجات جانش مجبور است کشورش را ترک کند! حزب بعث دو برادر علی را اعدام می‌کند و سال ۱۳۵۹ هجری شمسی به علی خبر می‌رسد که او هم اعدام خواهد شد؛ علی، زن و چهار فرزند کوچکش را رها می‌کند و مخفیانه از عراق می‌گریزد. جنگ تازه شروع شده است و او با مشقت خود را به ایران می‌رساند. او در مرز دستگیر و بعد از مدتی آزاد می‌شود و تا چند سال از خانواده‌ی عراقی خود اطلاعی ندارد
